בין צה"ל למשרד הבריאות קיים שיתוף פעולה הדוק במספר רב של מישורים כדי להגביר את מוכנות העורף למצבי חירום. שיתוף הפעולה הזה חיוני למתן מענה מיטבי לאירועי החירום השונים במלחמה ובעיתות שגרה