הישראלים השומרונים משרתים בצה"ל בשירות סדיר בבסיסים שונים ובתפקידים שונים ומגוונים. חלקם בשירות קרבי וחלקם בבסיסים עורפיים הקרובים לביתם. בהתאם להסדר עם הרב הראשי של צה"ל יש כמה הקלות שלהם זוכים השומרונים, כדוגמת לינת בית, שירות קל"ב ושחרור בחגים ובמועדים. בדור הנוכחי ניתן לראות כי המודעות והמוטיבציה לשירות בצה"ל בקרב צעירי הקהילה מוחלטת, וכיום שומרונים ממשפחת הכהונה, אף שיש להם זכות לוותר על שירותם – מתגייסים. כמו כן יש שומרונים המוותרים על תנאי השירות הנוחים ומעדיפים לשרת ביחידות קרביות ומובחרות בצה“ל. השומרונים המתגוררים בהר גריזים אינם משרתים בצה״ל מטעמים בטחוניים. מספר אנשים בקהילה השומרונית אף משרתים בקבע כקצינים ונגדים ביחידות השונות בצה"ל.