ההקשר הראשוני שעולה כאשר מדברים על פקודה בלתי חוקית בעליל, הוא פרשיית כפר קאסם שאירעה ביומה הראשון של מלחמת סיני - 29 באוקטובר 1956. באותו אירוע ניתנה הנחיה לירות בכל מי שיימצא מחוץ לביתו בשעות העוצר שהוכרז, ובעקבותיה נורו למוות על־ידי לוחמי מג"ב 43 אזרחים תושבי הכפר. פסק הדין בעניין זה טבע את מבחן "הדגל השחור" לבחינת פקודה בלתי חוקית בעליל, לה אין לציית, המוכר לכל מפקד וחייל.
ואולם לא צריך להרחיק לכת עד לפרשה זאת. מצב מעין זה יכול להתרחש בחיי היום־יום של כל אחד ממשרתי הצבא. לדוגמה חייל הנוהג ברכב מקבל פקודה ממפקדו לנסוע מעל המהירות המותרת. החייל מסרב לעשות כן, ומועמד לדין בגין עבירה של אי ציות לפקודה. האם בהיות הפקודה "בלתי חוקית" (במובן זה שהיא מורה לחייל לעבור על החוק) תהיה לחייל הגנה? האם התוצאה תהיה שונה כאשר מדובר בנהג אמבולנס במשימת פינוי רפואי או במקרה שבו המפקד מצווה על החייל לעקוף במקום בו אין שדה ראייה כלל?
חייל אחר, במהלך תרגיל, מקבל הוראה לירות לעבר מטרה. החייל מתריע בפני מפקדו שהוא אינו רואה את המטרה, אולם מפקדו שב ומורה לו לירות לעברה. החייל יורה ופוצע חייל אחר. האם היורה אחראי בפלילים לפציעתו של החייל? האם העובדה שמילא פקודה מקנה לו הגנה מאישום? דילמה זו מתחדדת עוד יותר כאשר אנו מנסים לשים עצמנו בנעליו המאובקות של חייל בשדה הקרב. מצד אחד, החייל מחונך מראשית דרכו לציות ולמשמעת; בשדה הקרב אין בדרך כלל פנאי ומקום לערער על חוקיות הפקודה; החייל לרוב אינו בקי ברזי החוק. מצד אחר, אם יעשה החייל מעשים אסורים - הוא צפוי להיענש.
אם כן, כיצד יידע איך עליו להתנהג? האם יש מבחן שלפיו יוכל להחליט מה מותר ומה אסור? החייל נמצא למעשה בין הפטיש לסדן, או כפי שאמרו זאת האנגלים בלשון ציורית: "מצבו של החייל קשה [...] צפו לו מוות בירייה על ידי בית משפט צבאי אם הוא מפר את הפקודה, או מוות בתלייה על ידי שופט וחבר מושבעים, אם הוא מציית לה". ד"ר זיו בורר נחשב כמומחה לשאלת הפקודה הבלתי חוקית בעליל. כעת, לאחר שנות מחקר רבות, הוא סוקר בספרו הגנת הצידוק עקב ציות לפקודה בלתי חוקית בעליל: הדין המצוי והראוי במשפט הישראלי (הוצאת מערכות, 2020), באופן מעמיק ונרחב את הסוגיות הרבות הנוגעות לשאלת הציות לפקודה בלתי חוקית, ומנסה לתת פתרון לדילמה שמתעוררת.